Los carotenoides y las ficobilinas son otro tipo de pigmentos accesorios que no reemplazan a la clorofila. Elpero se encargan de captar la energía lumínica y transferirla a la clorofila El. Las ficobilinas son pigmentos solubles en agua (solubles en agua) que se encuentran en las algas rojas y las cianobacterias; mientras que los carotenoides son solubles en lípidos (liposolubles) y están presentes en plantas, algas y cianobacterias. Los carotenoides expresan el color amarillo, naranja y rojo de los organismos y en las plantas de las regiones templadas. Este color se hace evidente cuando se degrada la clorofila, lo que permite la manifestación de colores carotenoides. La principal función atribuida a los carotenoides es la de antioxidante, donde previene el estrés oxidativo causado por el exceso de luz absorbida por la clorofila. Hay grupos de carotenoides, como los carotenos, las xantofilas y los betacarotenos, este último precursor de la vitamina A, una fuente importante para los animales, incluidos los humanos.
Como se mencionó anteriormente, los pigmentos se encuentran en los cloroplastos, orgánulos citoplasmáticos complejos formados por membranas interconectadas conocidas como tilacoides, donde el conjunto de tilacoides se denomina grana. Los carotenoides y las clorofilas están presentes en las membranas tilacoides de casi todos los organismos fotosintéticos. Además de las ficobilinas presentes en las membranas de las cianobacterias, que poseen cloroplastos similares a los que se encuentran en plantas y algas. Las ficobilinas también están presentes en mayor cantidad en las algas rojas y, por lo tanto, enmascaran el color verde de la clorofila. El.
Los organismos procarióticos también son fotosintéticos, como los protoclorofitos, bacterias que tienen clorofila. El, B y carotenoides, pero sin las ficobilinas. Las bacterias moradas tienen un tipo diferente de pigmento, la bacterioclorofila, que difiere de los pigmentos mencionados hasta ahora. Además, la fotosíntesis en las bacterias moradas tiene diferencias como no producir oxígeno, un solo fotosistema y son anaeróbicas.