La mayoría de las veces, los cordados son dióces, es decir, tienen sexos separados.
En los urocordatos la reproducción es hermafrodita, con fertilización externa. En cuanto a los cefalocordatos, los sexos se separan y las gónadas liberan los gametos hacia la cavidad auricular, siendo posteriormente eliminados por el poro auricular; la fertilización tiene lugar en un medio acuático y el desarrollo es directo.
En cuanto a los vertebrados, la reproducción difiere según la clase en cuestión:
Agnatha: Posee fertilización externa y desarrollo indirecto.
Condrictios: la fecundación suele ser interna y las aletas del macho se modifican dando lugar a órganos copuladores; la mayoría de las especies son ovíparas u ovovivíparas, el desarrollo es indirecto sin generar larvas.
Osteichthyes: la fertilización y el desarrollo embrionario son externos.
Anfibios: la fertilización es externa y ocurre en un medio acuático; son ovíparos y tienen cloaca.
Reptilia: la mayoría de las especies son ovíparas, pero también las hay ovovivíparas, es decir, los embriones se desarrollan dentro de los huevos y dentro del cuerpo de la hembra, y los huevos nacen después de salir del cuerpo de la madre.
Aves: tienen cloaca y todas las especies son ovíparas, con huevo sujeto a incubación;
Mammalia: los animales de esta clase son necesariamente portadores de vida, a excepción de los monotremas. Tienen un útero, que es el órgano femenino que alberga al feto durante el embarazo, y la conexión entre la descendencia y el organismo materno se realiza a través de la placenta, presidiendo los intercambios respiratorios y metabólicos entre madre e hijo.
Fuentes:
http://www.biomania.com.br/bio/conteudo.asp?cod=3237
http://www.algosobre.com.br/biologia/filo-chordata.html
http://pt.wikipedia.org/wiki/Mammals